(6)調停の成立

中間合意の後、排出事業者に応分の負担を求める調停作業が進められる一方、申請人らと県との間では、排出事業者からの解決金の配分や処分地における地上権の設定、県の謝罪などの問題について、調停委員会の仲立ちのもとに協議が重ねられた。

その結果、平成12年5月に調停委員会から最終的な調停条項案が示され、県は、技術検討委員会により廃棄物等の溶融処理に関する技術的課題の解明がなされ、また直島処理案の受入れ表明により廃棄物等の処理の見通しが立った状況などを踏まえ、総合的な判断のもとに、調停を受け入れることとした。
そして、臨時県議会に調停成立に必要な議案を提出し、可決され、同年6月6日、豊島で開催された第37回調停期日において、調停が成立した。

調停成立（平成12年6月）

調停成立後、真鍋武紀知事は、直接豊島住民に対して、香川県は廃棄物の認定を誤り、豊島開発に対する適切な指導監督を怠った結果、豊島の処分地に土壌汚染、水質汚濁等深刻な事態を招き、豊島住民の方々に長期にわたり不安と苦痛を与えたことを認め、心から謝罪の意を表した。

また、調停条項では、県は、技術検討委員会の検討結果に従いながら、平成28年度末までに、廃棄物等を豊島から搬出するとともに、処分地内の地下水・浸出水を浄化すること、地下水等の漏出防止や雨水の排除、廃棄物等の搬出のための施設等を豊島に設置すること、廃棄物等の焼却・溶融処理は直島町内に設置する施設において行うこと、一連の事業は、県と豊島住民との理解と協力のもとに行うほか、関連分野の知見を有する専門家の指導・助言等のもとに実施することなどが合意された。

なお、申請人は、調停成立に先立ち、県職員に対する調停申請を取り下げるとともに、調停成立と同時に、国に対する調停申請も取り下げた。
また、調停委員会が排出事業者21社に対して、廃棄物処理法に定める委託基準に違反した廃棄物の処理委託を行った責任等がある旨を指摘し、対策に要する費用について応分の負担をするよう求めた結果、平成12年1月までに、19社が解決金の支払いに応じることを認め、順次調停が成立していた。
なお、解決金は、調停成立時点において総額3億2千5百万8千円が支払われており、調停条項により、県が廃棄物等の対策費用として1億7千万円を取得した。

残る排出事業者2社、豊島開発及び経営者に関しては、当事者間に合意が成立する見込みがないとして、調停は打ち切られた。